El principal problema ecológico que afecta a la Patagonia es el avance de la desertificación. Este fenómeno tiene varias causas, pero las principales son:

• Sobrecarga animal.
• Excesivo pastoreo.
• Tala indiscriminada de arbustos para leña.
• Uso no sostenidos de los recursos.
• Degradación de los sustratos.

La Patagonia argentina y chilena comparten una geografía austral con una importante cantidad de similitudes. De hecho, la Patagonia en ambas naciones experimenta unas condiciones climáticas y ambientales muy parecidas. Y obviamente los problemas también son muy similares.